Scyntygrafia perfuzyjna płuc jest uznaną metodą diagnostyczną u chorych z podejrzeniem OZP. W badaniu stosuje się  radioizotop podawany dożylnie (jak zwykły zastrzyk), który płynie z prądem krwi do płuc. Jeśli skrzepliny zatykają tętnice płucne, radioizotop nie dopłynie do zablokowanych części płuc, co jest rejestrowane przez kamerę scyntygrafu, oceniającą radioaktywność. Narażenie na promieniowanie jonizujące podczas scyntygrafii jest mniejsze niż podczas wykonywania tomografii. Ograniczeniem metod izotopowych jest ich mała dostępność.