U pacjentów z OZP właściwy czas leczenia wynosi co najmniej 3 miesiące. W tym czasie skrzepliny w tętnicach płucnych ulegają powolnemu, systematycznemu rozpuszczaniu. Skrócenie 3-miesięcznego okresu leczenia nie jest wskazane (usprawiedliwia je jedynie stwierdzenie istotnych krwawień). U niektórych pacjentów czas terapii należy przedłużyć do 6 miesięcy. Czasami należy stosować leczenie przewlekłe, nawet przez całe życie (np. u pacjentów z nawracającą OZP/zakrzepicą).

Wszystkie leki należy przyjmować według wytycznych lekarza.

Po wypisie ze szpitala większość chorych jest leczona lekami doustnymi. Leki przeciwkrzepliwe, przydatne w długotrwałej terapii ostrej zatorowości płucnej to np. apiksaban (Eliquis), dabigatran (Pradaxa) oraz rywaroksaban (Xarelto). Są to preparaty do wygodnego domowego leczenia. 

W wybranych przypadkach stosuje się leki przeciwzakrzepowe, antagonistów witaminy K: acenokumarol (Acenocumarol WZF, Sintrom) lub warfarynę (Warfin). Leki te mogą wchodzić w interakcje z innymi farmaceutykami. Dodatkowo na ich skuteczność może wpływać nawet codzienna dieta (np. spożywanie warzyw zawierających dużo wit. K, jak np. kapusta, może zmniejszyć efektywność ich działania). Dlatego terapia „tymi preparatami wymaga regularnych badań krwi (oznaczania wskaźnika INR, który pomaga ocenić siłę działania leku). Początkowo badanie to wykonuje się co kilka dni, następnie co tydzień, a ostatecznie nie rzadziej niż co miesiąc.

Niektórzy pacjenci muszą przewlekle stosować podawane podskórnie heparyny drobnocząsteczkowe.

U chorych z wysokim ryzkiem krwawień można rozważyć przewlekłe doustne stosowanie sulodeksydu.

Wszystkie decyzje dotyczące czasu i sposobu leczenia powinny być przedyskutowane przez lekarza i pacjenta, co umożliwi uwzględnienie wszystkich przeciwwskazań (np. apiksaban, dabigatran oraz rywaroksaban nie mogą być stosowane w ciąży i podczas karmienia piersią). Ponadto, decyzje dotyczące czasu i intensywności terapii przeciwkrzepliwej powinny uwzględniać indywidualne ryzyko wystąpienia krwawień.